第一，在拆迁补偿时要注意区分违建与建筑材料。《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条规定：“超过批准期限拆除违建及临时建筑物，一律不予补偿；对于未超过批准期限的临时建筑，应给予适当补偿。”所以，在拆迁过程中，拆迁方不会对违建进行补偿。但不能据此认为，拆除违建所用材料，拆迁人也不需要赔偿。实际上，一些违建房屋所用的材料在价值上是可以独立存在的，违建者对所用材料拥有合法的财产权利。
二是在拆迁补偿中，要注意区分违建与违建用地的使用权。违建建筑物如拥有合法的土地使用权，即便在拆迁时未拆除违建物本身补偿违建者，也必须考虑到对违建者的土地使用权所有权。若以划拨方式取得土地使用权，拆迁人可对使用该土地的违章建筑人不予补偿；但若以出让方式取得土地使用权，违法乱纪者缴纳了土地出让金，但出让年限尚未届满时，拆迁人应对违章建筑拆除后给违建者造成的土地使用收益进行适当补偿。
三是在拆迁补偿时，要注意区分违建与违建物。违建建筑物内的财产可以独立于违法建筑而存在，是违建者的合法财产，应依法予以保护。在拆除违建房屋时，拆迁方不应侵犯违建人在违章建筑内的合法财产利益，否则应负法律责任。
再次，在拆迁补偿时，要注意区分拆迁补偿款、拆迁补助费和拆迁补偿费。尽管我国《城市拆迁管理条例》明文规定，对违章建筑的拆除不予赔偿，但这只能说明违建者无法获得拆迁补偿款，拆迁人还必须依法支付拆迁补助费。征地补偿费包括搬迁补助费、临时安置补助费等其他费用。违建者不得以违建为由拒不向违建人支付搬迁补助费、临时安置补助费等拆迁补助费。如因拆迁程序、方式违法，侵害了被拆迁人和房屋承租人的合法权益，应依法赔偿拆迁补偿损失。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条规定，市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
