司法鉴定的合法性原则，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律法规的规定。判断鉴定过程和结果的合法性，以及鉴定结论是否具有证据效力的前提。此原则在立法及鉴定过程中主要体现在：鉴定主体合法、鉴定材料合法、鉴定程序合法、鉴定步骤、方法、标准合法、结果合法五个方面。
1.司法鉴定机构必须是法律.法规.部门规章规定，经省级以上司法机关批准，并取得司法鉴定实施权利的法定鉴定机构，或者按照规定程序委托的具体鉴定机构。鉴定人员应是具有规定条件的自然人，取得司法鉴定人专业资格的执业许可。
2.司法鉴定资料主要是指比较法的鉴定对象和它作为样本(样品)。鉴定人必须是法律规定的案件中的专门问题，没有法律规定的专门问题不能作为鉴定对象。例如，我国现阶段司法鉴定(俗称测谎)、嗅觉(警犬鉴定)等还没有作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。并且确认材料的来源。
(包含提取、保存、运输、监督等)必须符合有关法律规定的要求。
3.鉴定程序正当性，包括司法鉴定的提请.决定和委托.受理.实施.补充鉴定.再鉴定.专家联合鉴定等各环节，必须符合程序法及其他有关法律、法规和部门规章的规定。
4.鉴定的步骤.应为法律所确认.有效的，鉴定标准应符合国家法定标准或部门(行业)标准。5.鉴定结果是否合法，主要体现在鉴定文书是否合法。鉴证文件必须具有法律规定的文件格式和各种必要内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。一般而言，司法鉴定应当在诉讼期间的举证期限提出。很多案件的当事人在诉讼程序开始前都会自己去找鉴定机构进行鉴定，如果不能得到法庭的认可，那么鉴定结果可能是没有法律效力的。所以，在立案后，最好由司法鉴定机构提出。
《司法鉴定程序通则》第二条司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。司法鉴定程序是指司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动的方式、步骤以及相关规则的总称。
