徇私舞弊抵扣税款罪立案标准，是根据《人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》第十三条规定，涉嫌下列情形之一的，应予立案：1、为徇私情、私利，违反法律、行政法规的规定，伪造材料，隐瞒情况，弄虚作假，对不应发售的发票予以发售，对不应抵扣的税款予以抵扣，对不应给予出口退税的给予退税，或者擅自决定发售不应发售的发票、抵扣不应抵扣的税款、给予出口退税，致使国家税收损失累计达10万元以上的;2、徇私舞弊，致使国家税收损失累计不满10万元，但具有索取、收贿赂或者其他恶劣情节的。
《刑法》第四百零五条，税务机关的工作人员违反法律、行政法规的规定，在办理发售发票、抵扣税款、出口退税工作中；
徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；致使国家利益遭受特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。
